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Sin ninguna razón aparente, una gran cantidad de demonios y youkais provenientes del Makai, el mundo de los demonios, comienzan a viajar a Gensokyo , contaminando sus tierras y dejando a Reimu con mucha exterminación que hacer. Frustrada, Reimu rastrea la fuente de la invasión a “La Cueva en la cual la Puerta al Makai se dice que está”, la cual se encuentra en las montañas detrás del Templo Hakurei. Reimu decide que es su deber como sacerdotisa erradicar la causa de este caos. Sin saberlo ella, Marisa Kirisame se ha enterado de sus planes y decide seguirla con la esperanza de descubrir algunos poderes únicos para robar dentro del Makai. En otra parte, Mima, el espíritu maligno del Templo Hakurei, y Yuka Kazami, el youkai , deciden ir al Makai también, aunque ellas tiene sus propias razones para ir.

 

Touhou 5: Mystic Square – Stage 3

 

Apareciendo el 30 de diciembre de 1998 en versión completa este juego trae nueva historia y nuevos personajes sin dejar de ser la modalidad de juego igual a su predecesor. Esta quinta entrega Contiene el característico “Nivel Extra” y el tradicional modo historia además de que cuenta con una sección para escuchar toda la música de las entregas anteriores de Touhou e incluso la música que acompaña esta nueva entrega. También cuenta con más personajes a elegir siendo en total 4 variando según a quien elijas las conversaciones en la historia y el final, obviamente. También cuenta con la aparición de un personaje importante en las entregas de Touhou que regresaría en entregas futuras, Alice Margatroid.